通常情况下，很多行政部门在认定违章建筑中都会简单的根据《土地管理法》和《城乡规划法》来认定是否是违章建筑。那么违章建筑的认定依据真的只有这些吗？根据城乡规划法的规定，在城市、镇规划区内进行建筑物、构筑物、道路、管线和其他工程建设的，建设单位或者个人应当向城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府申请办理建设工程规划许可证。我国法律明确规定，拆除违章建筑和超过批准期限的临时建筑，不予补偿。这一规定有力地遏制了违章建筑的生存和蔓延，保护了开发、建设单位的利益。但是，在实践中行政机关和人民法院却往往忽略对房屋的鉴定环节，直接以被执行人有无房屋证照作为界定违章建筑的依据，即对无证照房屋一律视为违章建筑。实际上，认定是否是公民合法财产，必须以国家的相关法律为依据。按照城乡规划法的规定，县级以上地方人民政府的城乡规划主管部门或乡、镇人民政府分别是处理城市和乡、村庄违章建筑的行政主管部门，拥有对违章建筑进行处理的行政执法权，当然也是违章建筑的确认机关，即便是人民法院也无权在审理和执行案件过程中确认违章建筑的性质。
在法律依据方面，目前各级地方政府部门界定违章建筑的主要法律依据是城乡规划法和土地管理法。从属性上看，建筑物必须以土地为依托，离开了土地，建筑物不可能存在，依靠土地管理法加强土地用途的管制可以有效地限制违章建筑;从违章问题严重程度看，城市的违章建筑确实要比其他地方违章建筑突出，依照城乡规划法可以处理大部分违章建筑。但仅仅依据城乡规划法和土地管理法两部法律所界定的违章建筑，适用范围较窄，事实上，我国法律对违章建筑的限制很多，范围也很广。
例如：《中华人民共和国水法》第六十五条 在河道管理范围内建设妨碍行洪的建筑物、构筑物，或者从事影响河势稳定、危害河岸堤防安全和其他妨碍河道行洪的活动，由县级以上人民政府水行政主管部门或者流域管理机构依据职权，责令停止违法行为，限期拆除违法建筑物、构筑物，恢复原状;逾期不拆除、不恢复原状的，拆除，所需费用由违法单位或者个人负担，并处一万元以上十万元以下的罚款。
未经水行政主管部门或者流域管理机构同意，擅自修建水工程，或者建设桥梁、码头和其他拦河、跨河、临河建筑物、构筑物，铺设跨河管道、电缆，且防洪法未作规定的，由县级以上人民政府水行政主管部门或者流域管理机构依据职权，责令停止违法行为，限期补办有关手续;逾期不补办或者补办未被批准的，责令限期拆除违法建筑物、构筑物;逾期不拆除的，拆除，所需费用由违法单位或者个人负担，并处一万元以上十万元以下的罚款。
虽经水行政主管部门或者流域管理机构同意，但未按照要求修建前款所列工程设施的，由县级以上人民政府水行政主管部门或者流域管理机构依据职权，责令限期改正，按照情节轻重，处一万元以上十万元以下的罚款。为了加强公路的建设和管理，促进公路事业的发展，《中华人民共和国公路法》第五十六条规定：除公路防护、养护需要的以外，禁止在公路两侧的建筑控制区内修建建筑物和地面构筑物;需要在建筑控制区内埋设管线、电缆等设施的，应当事先经县级以上地方人民政府交通主管部门批准。《铁路法》第四十六条、《民用航空法》第五十八条、《文物保护法》第十一条《环境保护法》第十八条、港口法第四十五条、防洪法第二十七条等实体法条款，分别从不同角度对相关建筑物、构筑物的建设作出了限制性规定，有关职能部门在界定违章建筑时，必须充分考虑。
